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Sanae Kochiya é um humano, porém ela é uma descendente distante da deusa Suwako Moriya. Seus deveres no Santuário Moriya são similares ao de uma Sacerdotisa, com seus poderes herdados, Sanae é uma especie de divindade.
Quando os humanos do outro mundo começaram a perder a fé em Kanako, a deusa oficial do santuário, Kanako decidiu mover o santuário para Gensokyo, onde lá ela poderia conseguir a fé dos Youkai. Sanae também é amiga de Reimu e Marisa. Mas Reimu vê Sanae como uma rival, já que ambas são sacerdotisas.
Durante os eventos de Mountain of Faith Sanae tenta ameaçar Reimu para que ela feche as portas do Santuário Hakurei, para que o Santuário Moriya seja p dominante na região. Porém, não consciente da força de Marisa e Reimu, Sanae é derrotada, logo em seguida a heroína enfrenta Kanako e Suwako.
Então as residentes do Santuario Moriya decidem por viver em paz com seus novos vizinhos da Montanha Youkai.
Em Undefined Fantastic Object, dependendo do senário, ele á enviada por Kanako para treinar suas habilidades contra os Youkai, ou por Suwako, para encontrar o navio do tesouro. Dependendo disso, seu ataque especial pode ser uma cobra ou um sapo.
No Unthinkable Natural Law, pensando que um robô gigante apareceu em Gensokyo, ela sai a sua procura, ate que ela tropeça em um grande buraco que leva ao reator dirigido por Utsuho Reiuji. Ela descobre que Suwako é responsavel pela criação do robô.
Sanae percebe que um estranho espírito ronda o Santuário Moriya em Ten Desires, um espirito divino com um forte sentimento de ganância humana, medo e desejos. Ela aproveita a oportunidade para recolher fé como se estivesse recolhendo de um humano comum, mas ela não entende o porque dos espíritos estarem rondando santuário.