A Grande Guerra Suwa ocorreu a mais de 2300 anos atrás, foi a batalha entre Suwako Moriya e os Deuses de Yamato, entre eles Kanako Yasaka. Os Deuses de Yamato foram vitoriosos.
Suwako Moriya era a líder do Reino de Moriya. Ela controlava os Mishaguji, deuses amaldiçoados que possuiam uma grande quantidade de "fé" e influenciavam nas colheitas, nascimentos, poderio militar, entre muitas outras coisas. Suwako era a única que conseguia controlá-los, entretanto, os Deuses de Yamato invadiram seu reino.
Os Deuses de Yamato disseram que seu propósito era unificar todos os reinos para criar um país chamado Japão. Contudo, Suwako não queria que isso acontecesse e lutou com as mais poderosas armas de aço da época. Suwako, com seu grande arsenal de aço estava vencendo a batalha, até que uma deusa, Kanako, que utilizava de finas videiras, fez com que todo o arsenal de Suwako enferruja-se imediatamente.
Suwako rapidamente percebeu a grande diferença de poder entre ela e os Deuses de Yamato. Sabendo que perderia se continuasse, Suwako não teve escolha a não ser entregar seu reino.
Depois disso Kanako Yasaka se torna a deusa oficial do reino Moriya. Entretanto, o povo do reino Moriya não conseguia esquecer o medo dos seus deuses nativos, os Mishaguji, e não conseguiram aceitar um novo deus. Kanako sabia que por causa disso ela não seria capaz de receber a fé das pessoas, então parou de tentar fazer com que o reino fosse dela. Kanako decidiu então por evocar um "novo deus" e combinar este com o deus de Moriya. Eles decidem chamar esse novo deus de 'Moriya', mas fora do reino era chamado por outro nome. Dessa forma, o povo do reino pensaria que Moriyaa estaria liderando o reino. Assim, Kanako "pegou emprestado" o poder de Suwako e silenciosamente reina como Deusa das Montanhas.
O novo deus, 'Moriya' era apenas um Deus em nome, existindo para preservar e lenda de Yamato. Mas a verdade é que Suwako continuou governando o reino. Embora os deuses do mundo moderno tenham sido substituídos pelas Lendas de Yamato, Suwako continuou a receber fé. Entretanto, com a introdução da era da ciência, Suwako tem sua fé reduzida.
Suwako não se importou muito com o ocorrido, mas Kanako entrou em pânico e acabou movendo todo o Santuário Moriya para Gensokyo em busca de mais fé. Suwako não sabia o quão bem ela seria capaz de viver em Gensokyo, mas decidiu aproveitar isso como seu divertimento final. Ela não discutiu com Kanako por ter abandonado o reino e ido para Gensokyo, pois Suwako não tinha arrependimentos no outro mundo.
A sacerdotisa de Kanako e descendente de Suwako, Sanae Kochiya, não conseguiu entender o motivo de haver duas deusas em seu santuário.
Suwako não pareceu se importar se ela havia sido esquecida. Na verdade, ela é grata a Kanako por ter lhe dado a chance de aproveitar uma segunda vida em Gensokyo.