A Grande Guerra Suwa ocorreu a mais de 2300 anos atrás, foi a batalha entre Suwako Moriya e os Deuses de Yamato, entre eles Kanako Yasaka, que forá vitoriosa.
Suwako era a lider do reino Moriya. ela controlava os Mishaguji, que eram deuses amaldiçoados que possuiam uma grande quantidade de "fé", colheitas e um forte poder militar. Suwako era a unica que conseguia controla-los, entretanto, os Deuses de Yamato invadiram seu reino.
Os Deuses de Yamato tinham o propósito de unificar todos os outros reinos para criar o Japão. Suwako não aceitou a proposta dos deuses e assim iniciou-se uma grande batalha. Suwako, com seu grande arsenal de aço estava á vencer a batalha, ate que um deus, Kanako, que utilizava de finas videiras, fez com que todo o arsenal de Suwako enferruja-se rapidamente.
Percebendo a grande diferença de poder, Suwako não tem muita escolha a não ser se render aos Deuses de Yamato.
Depois disso Kanako se torna a deusa oficial do reino Moriya. Entretanto, o povo do reino Moriya, não conseguia esquecer o medo dos deuses nativos, os Mishaguji, que não aceitavam um novo deus. Kanako sabia que por causa disso ela não seria capaz de coletar a fé das pessoas, então desiste do reino. Kanako decidiu então por evocar um "novo deus" combinado com o deus Moriya. Elas evocam o novo deus de 'Moryia', mas fora do reino possuia outro nome. Dessa forma, o povo do reino pensaria que Moryia estaria liderando o reino. Assim, Kanako seria capaz de "pegar emprestado" o poder de Moriya sem ser percebido pelo povo se tornando a Deusa das montanhas.
O novo deus, 'Moriya' era apenas um Deus em nome. Existindo para preservar e lenda de Yamato. Mas a verdade é que Suwako continuou governando o reino. Embora os deuses do mundo moderno tinham sido substituídos pelos Deuses de Yamato, Suwako continuou a receber fé. Entretanto, com a introdução da era da ciência, Suwako tem sua fé reduzida.
Suwako não ligou muito para o ocorrido, mas Kanako entrou em panico e acabou movendo todo o santuário para Gensokyo em busca de mais fé. A sacerdotisa do templo, Sanae Kochiya, que é descendente de Suwako, não conseguiu entender o porque de duas deusas estarem juntas com ela no mesmo santuário.