Ludzie (人間, ningen) zamieszkujący Gensokyo fizycznie są podobni do ludzi ze świata zewnętrznego, lecz różnią się znacznie jeśli chodzi o ich zdolności. W czasach antycznych, dzielni ludzie, którzy wiedzieli jak posługuwać się nadprzyrodzonymi zdolnościami, podróżowali do terenów zajętych przez youkai nazywanych teraz Gensokyo. Osiedlili się tam aby doglądać poczynań youkai i uniemożliwić im terroryzowanie otaczających terenów. Ludzie ci często musieli walczyć z youkai. Pewnego dnia, Gensokyo zostało oddzielone od reszty świata. Bedąc oddzieleni od reszty ludzkości, ludzie z Gensokyo ignorowali postęp naukowy i techniczny, znacznie rozwijając za to wrodzone zdolności duchowe. Dziś, zwykły człowiek z Gensokyo jest prawdopodobnie nieznacznie silniejszy niż przeciętne youkai, lecz youkai mają znaczną przewagę liczebną nad ludźmi. Wiekszość ludzi z Gensokyo mieszka w wiosce ludzi, lecz niektórzy mieszkają w innych miejscach.
Oczywiście istnieją także nieprzeciętni ludzie, którzy mogą walczyć na równi z najsilniejszymi bytami w Gensokyo.
- Na przykład: Reimu Hakurei, Marisa Kirisame, Sanae Kochiya, Sakuya Izayoi, Fujiwara no Mokou