Como todos los lugares que hay en este mundo, Gensokyo está también dividido por el norte, sur, este y oeste. Dependiendo de que dirección escojas, podrás encontrar los diferentes sitios que habitan en este lugar. A continuación una lista de los lugares que hay en las diferentes direcciones:
Norte:
- Jardín del Sol
- Camino de la reconsideración
- Muendzuka
- Camino de la liminalidad
- Rio Sanzu
Sur:
- Montaña Youkai
- Templo Moriya
- Centro de Geisers Subterráneo
- Mansión Poltergeist
- Lago de la Niebla
- Scarlet Devil Mansión
Este:
- Infierno
- Templo Hakurei
- Mayohiga
- Tartarus
- Fisura
- Makai
Oeste:
- Bosque de Bambú
- Colina Sin Nombre
- Bosque de la Magia
- Tiendas (Magia Kirisame y Kourindou)
- Aldea de los Humanos
- Templo Myouren
- Dream Palace Great Mausoleum