Magier (魔法使い, mahōtsukai oder 魔女, majo) sind in Gensokyo ein machtvolles Wesen, das die Fähigkeit hat jede Art Magie zu erlernen und zu üben, die existiert. Die meisten magischen Kreaturen können nur ihre angeborene Kraft benutzen. Magier hingegen können jede Magie nach Wunsch entwickeln nachdem sie diese studiert und analysiert haben.
"Natürliche" Magier sind eine Unterklasse der Youkai und erben diese spezifische Fähigkeit als ein Teil der Magier Rasse. Menschliche Magier sind nicht mit dieser speziellen Fähigkeit geboren, haben aber dafür trainiert um die Fähigkeiten eines Magiers zu erlernen. Menschliche Magier müssen bei weitem härter arbeiten als natürliche Magier um die gleichen Ergebnisse zu erreichen.
Im Haus eines Magiers findet man normal viele Bücher, Notizen oder Artefakte die sich durch das studieren, erlernen und erarbeiten der verschiedenen Sprüche angesammelt haben. Aus diesem Grund werden Magier gerne als Leute gesehen, die lieber drinnen bleiben und Bücher lesen.
- Beispiele: Patchouli Knowledge (natürlich), Alice Margatroid (einst ein Mensch, jetzt aber Youkai), Marisa Kirisame (Mensch), Byakuren Hijiri (Mensch der ein Youkai geworden ist), Muse (halb)